Από την ίδρυση του Τμήματος Χημείας, ο τομέας Οργανικής Χημείας αποτελεί μία δυναμικότατη ομάδα με μέλη που ασχολούνται ερευνητικά σε ένα ευρύ φάσμα ενδιαφερόντων σε πεδία αιχμής της σύγχρονης Οργανικής Χημείας.
Οργανική Χημεία στο Πανεπιστήμιο Κρήτης σημαίνει «εξωτικά» οργανικά μόρια, απομόνωση-χαρακτηρισμό και σύνθεση φυσικών προϊόντων, νέες συνθετικές μεθόδους, ολική σύνθεση βιοδραστικών μορίων, οργανική φωτοχημεία, φυσικοοργανική χημεία, νέα νανοϋλικά βασισμένα σε φουλερένια, μηχανισμούς οργανικών αντιδράσεων, βιομιμητική σύνθεση φυσικών προϊόντων, σύνθεση φθοριζόντων δεικτών ιόντων, κατάλυση με μεταλλικά νανοσωματίδια, βιοκατάλυση-βιομετασχηματισμούς.
Ερευνητικά πεδία αιχμής όπως η επιστήμη υλικών, η νανοτεχνολογία και τα φαρμακευτικά προϊόντα βασίζονται στην Οργανική χημεία. Η λεπτομερής κατανόηση της οργανικής χημείας αποτελεί προϋπόθεση για την κατανόηση της «ζωής». Χρειαζόμαστε την οργανική χημεία για την μελέτη της βιοχημείας των φυτών και όλων των ζώντων οργανισμών, της συμπεριφοράς μακρομορίων (όπως πρωτεΐνες, DNA), καθώς και της λειτουργίας της ύλης.
Οι διδακτικές δραστηριότητες του τομέα Οργανικής Χημείας του τμήματος Χημείας καλύπτουν την εκπαίδευση προπτυχιακών φοιτητών του Τμήματος Χημείας σε θέματα Οργανικής Χημείας, Σύνθεσης Φυσικών Προϊόντων, Χημείας Βιομορίων, Φαρμακευτικής Χημείας, αλλά και την πλήρη εκπαίδευση και εξειδίκευση μεταπτυχιακών φοιτητών σε θέματα Οργανικής Χημείας, τόσο στα πλαίσια του Γενικού Προγράμματος Μεταπτυχιακών σπουδών, όσο και στο μεταπτυχιακό πρόγραμμα «Απομόνωση και Σύνθεση Φυσικών Προϊόντων με Βιολογική Δραστικότητα» του τμήματος Χημείας.
Ο τομέας λειτουργεί μέσω ενός θεσμοθετημένου εργαστηρίου: το Εργαστήριο Οργανικής Χημείας. Όλες οι ερευνητικές ομάδες του τομέα Οργανικής Χημείας έχουν συνάψει πολλές διεθνείς συνεργασίες με ερευνητικές ομάδες, κοινωνικούς φορείς και φορείς του παραγωγικού τομέα και έχουν ποικίλες ερευνητικές δραστηριότητες με συμμετοχές σε εθνικές και διεθνείς επιστημονικές επιτροπές, χρηματοδοτούμενα ανταγωνιστικά ερευνητικά προγράμματα, ερευνητικές διακρίσεις και συμμετοχές σε διεθνή συνέδρια.
Με μεγάλη επιτυχία ο τομέας οργάνωσε για πρώτη φορά στην Ελλάδα το 17ο Ευρωπαϊκό Συμπόσιο Οργανικής Χημείας,
